Мания-депрессия в отдельно взятой голове

оо! тут широкое поле деятельности.

если бабки не вопрос сделай микроаррай и ищи влияет ли он к примеру на какие-то факторы транскрипции или комплексы что влияют на факторы транскрипции.

From:

бабки таки вопрос, но аррей существует, надо пошерстить

еще идеи?

From:

леашкиа комплекс который к нему цепляется и посмотреть кто есть в этом комплексе (отправить на протеин - сикуенс).

From:

к кому? на промотер У? - дофигища, к Х? дофигища в квадрате, это очень сложный белок по части signal transduction.

From:

к Х.

тебе что надо? найти белок который связывает х И У или просто логическую связь?

если белок - то всякие ашкаот и чипы. если логическую связсь - то разнообразные оверэкспрешенны и нокдауны и проверять чего куда и почему.

From:

к Х нереально, там действительно цепляется все что угодно. Болото короче.

From:

тогда к У пробуй.

но если честно, проще найти логическую связь, а потом уже белки подгонять. гыы... так все делают.

From:

проблема еще в том что не обязательно какой-то ген должен среагировать на исчезновение Х на уровне транскрипции, достаточно альтернативной фосфориляции, которую пойди отлови. ыыыыыыы....

From:

а кто сказал что будет легко? поэтому я и говорю - ищи логическую связь, а потом уже белки подгоняй. типа нашла что помимо У идет вниз еще какая-то фосфориляция - смотришь, а вдруг этот белок (что с фосфор.) в комплексе с тем, что иногда в комплексе с У - и вот тебе и связь ))

From:

ты делала когда-нить скрин на фосфориляцию по протеому?

From:

нет.

From:

по-моему это возможно только в очень большой и очень богатой лабе.

From:

у нас в лабе кто-то делал.

но оставь фосфориляцию. ищи еще что-то что поддается влиянию либо Х либо У, а потом шерсти литературу на предмет пересекающихся путей, и там уже пытайся их логически связать.

From:

уже шерстю. Например, при ущучении Х ретинобластома вырастает в 2 раза, а ретинобластома ответственна за ВСЕ :)

From:

вот видишь как хорошо )))

From:

чего хорошего? это как сказать что p53 онкоген. Ну и? р53 завязан на всем, как и Rb.

From:

правильно. и посмотри сколько статей пишут про неизвестный никому ген и p53.

From:

это неинтересно :)

From:

а главное - очень сложно опубликовать в приличном журнале что-либо про р53, это должно быть что-то поистине революционное.

From:

это зависит.. нам иногда такое г.. на ревью присылают, но если босс знаком с боссом то частенько оно проходит.

From:

я гордая :)

From:

о господи, ретинобластоооооомааааа... Пропала ты, муррка :) Теперь у тебя действительно широкое поле деятельности :)))))

From:

*прочитавши комменты* Можно зайти с другой стороны и начать искать на какие факторы в транскрипции У влияет Х. Это ты сделаешь элементарно проверкой последовательности промотора. Потом либо вестерн этим факторам, либо мутации сайтам факторов. Первое легче и быстрее технически. А когда найдешь какой фактор меняется, залезешь в пабмед и поймешь откуда могут расти ноги.

From:

нефига не проще, там 18 потенциальных точек высадки факторов, в каждой точке 2-3 возможности. И это только по биоинформатике, а на самом деле все куда интереснее и не факт что роль играет в данном случае непосредственный промотер - может оно там в трех килобейсах выше по течению или на интроне сидит...

From:

18 разных факторов? Базовые исключи, оставь только регулируемые. Сколько сайтов тебя ниипет, главное сколько там самих факторов, которые могут включаться/выключаться. . Еще можно попробовать кросс-линкинг и иммуноперсепитацию с твоим Х. Посмотреть кого ты выудишь на него.

From:

к сожалению, базовые тоже очень регулируемые, это я уже проходила. За Х можно вытянуть черта лысого, у него 5 штук цеплятельных сайтов типа SH2, он участвует по-моему во всех возможных направлениях signal transduction.

From:

хы. Тогда чего ты к У прицепилась-то? Если эта хня сидит где-то в верхах цепочки сигналов, то какая разница почему в результате регулируется У, там еще миллион всего регулируется наверное, нет? Тоись, чего я спросить хочу - тебе точно надо связь с у? Ретинобластому ты уже выудила, можно проверить ,не через нее ли это регулируется. И выдать чета типа "Y transcriptional regulation via RB pathway" :))
Кста, у вас в лабе наверняка есть куча ногданим ко всякими сигнальным белкам - сделай блот с кучей пар +- Х, накромсай на лапшу и проверь со всем что есть в наличии.
Теперь у меня эта твоя фигня засела на целый день, пойду дальше думать :)))

From:

я к нему прицепилась потому что начальство велело :) Совершенно не факт что У регулируется через ретинобластому, с тем же успехом можно сказать что он реулируется через атаксию, которая тоже ползет вверх. Корреляция не означает связь. Начальство велело проверить Rac pathway, хотя на чипе rac-a не видно, но зато у нас к нему хорошие антитела :) При условии что я в signal transduction полный ноль, и я просто не вижу элементарного потому что у меня не возникает никаких ассоциаций при словах "wnt pathway", голова моя бедная :(

From:

я ж не говорю, что он через нее регулируется, это предложение направления :)) Ага, наличие хороших антител как причина выбора направления мне знакоооома :)))
Знаешь, я тоже с трудом плаваю в сигнальных путях, но мне сильно помогает на картинки смотреть. Вот тупо в гугль картинки загнать ключевые белки, распечатать с пяток картинок и разложить на столе.
Голова твоя бедная, да. Я сама сижу пытаюсь разобраться в pathways воспалительных процессов и трансформации и чувствую, что капец котенку машке. Слава ему, начальство от меня пока не требует зарываться в эти маслюлим, но когда-то ж потребует...

From: